Uma vez, fiz o arquivo em /etc/apt/proxy.conf com a configuração de proxy
Acquire::http::Proxy "http://<proxy-server-ip>:port"; Acquire::https::Proxy "http://<proxy-server-ip>:port";
No entanto, na versão 11 do Debian, não funcionou, pesquisando encontrei o artigo descrevendo para criar o arquivo de configuração dentro do diretório apt.conf.d , ficando da seguinte forma
/etc/apt/apt.conf.d/proxy.conf com o mesmo conteúdo , dai funcionou.
Fonte: https://www.linuxbuzz.com/how-to-configure-proxy-for-apt-command/